Когда Вы создаёте дополнительный, самостоятельный, отдельный домен, параллельно CPanel создаёт поддомен главного домена. И сайт может быть доступен, в теории, по обоим адресам.
Это особенность CPanel которая не вызывает обычно проблем, но вызывает беспокойство некоторых клиентов. И действительно, по ошибке, такие поддомены могут попасть в индексацию (к примеру если случайно установить Wordpress по адресу "Поддомена" вместо "Дополнительного домена" которому он соответствет.
Для защиты от таких случаев, можно использовать .htaccess в корне "Дополнительных доменов"
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} главный-домен.com$
RewriteRule ^(.*)$ "http://www.дополнительный-домен.com/" [R=301,L]
</IfModule>
Где главный-домен.com это основной сайт с которым зарегистрирован хостинг, и www.дополнительный-домен.com это соответственно дополнительный домен на Вашем хостинге.
Если у Вас уже установлен скрипт имеющий свой .htaccess в корне, к примеру популярный CMS движок Wordpress в нём есть контент
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>
Вы можете добавить нужные правила до строки RewriteBase / к примеру таким образом:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} главный-домен.com$
RewriteRule ^(.*)$ "http://www.дополнительный-домен.com/" [R=301,L]
RewriteBase /
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]
</IfModule>