Пожалуйста имейте в виду, что ХОСТ и Домен - не одно и то же. Если Вы установите сертификат на domain.com, то это значит, что при обращении к Вашему сайту по адресу www.domain.com у Ваших пользователей будет появляться окно с предупреждением, что этот адрес имеет непроверенный сертификат. Поэтому рекомендуем Вам выбрать тот хост, который Вы в основном рекламируете, и на него установить сертификат. Большинство выбирает www.domain.com, но хостом может быть также домен без www, поддомен и т.д.
Если Вы хотите, чтобы сертификат одинаково работал на всех хостах, включая www и поддомены, то Вам нужно заказать Wildcard SSL.