Если у Вас переодически прерывается связь с FTP, частой причиной может быть количество одновременных соединений, которое может превышать значения допустимые на сервере, и которые можно ограничить в настройках FTP клиента.
К примеру в FileZilla эта настройка находится в разделе "Передачи", и желательно установить это значение в 8-10 передач:
